R paquet statistique: emballage des objets GOFrame

J'essaie de générer des objets GOFrame pour générer une cartographie d'ontologie génique dans R pour les organismes non supportés (voir http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf). Cependant, suivre les instructions ne m'aide pas littéralement. Voici le code que j'execute (R 2.9.2 sur koala ubuntu 64 bits)R paquet statistique: emballage des objets GOFrame

library("AnnotationDbi") 
library("org.Hs.eg.db") 
frame = toTable(org.Hs.egGO) 
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id) 
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Cependant, lorsque je tente de cartographier mon dataframe dans un objet goFrame, je reçois cette erreur

Error: could not find function "GOFrame"

I Suis assez sûr que le wrapper GOFrame est dans la bibliothèque AnnotationDBI, donc je suis perplexe. Toute aide est très appréciée :-)

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2009-11-12 Tonio

Je pense que c'est votre version R. Le wrapping GOFrame est décrit pour être pris en charge dans le bioconducteur AnnotationDBI uniquement depuis la dernière version.

Je viens d'essayer et il travaille avec R 2.10.0

Enjoy!

Source

2009-11-12 12:53:02

Oui, maintenant cela fonctionne. Merci beaucoup! :-) – Tonio

Selon le package description, le package Go.db est uniquement suggéré plutôt que dépendant. Par conséquent, un simple

library(GO.db)

semble être ce que vous devez faire.

Source

2009-11-12 12:53:26

Non, ça ne charge toujours pas. La méthode semble être seulement dans la version R 2.10.0! – Tonio

Je doute que ce soit la version R mais BioC a cette habitude de relier leur version aux versions R. Donc peut-être pas R 2.10.0 en soi - mais étant donné R 2.10.0, la version (implicite) d'AnnotationDBI fonctionne alors? –

R paquet statistique: emballage des objets GOFrame

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