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Quelqu'un est-il au courant d'une implémentation python pure de l'alignement BLAST? Je suis en train d'étudier cet algorithme ...Implémentation Python de l'algorithme d'alignement BLAST?
A
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Essayez de regarder dans biopython:
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Non, biopython n'implémente pas Blast, il appelle le programme exécutable canonique ncbi BLAST qui doit être installé indépendamment – joaquin
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En effet, une mise en œuvre complète de l'algorithme BLAST est un très difficile. Il a beaucoup de démarches et d'optimisations. Qu'est-ce que vous pouvez faire: jetez un coup d'œil sur le livre BLAST d'O'Reilly, pour une très bonne explication, jetez un coup d'œil sur la base du code NCBI Blast, qu'il est gros et difficile à comprendre au premier coup d'œil, ou, vous suggérer de jeter un coup d'œil à d'autres implémentations BLAST ou d'autres algorithmes comme BLAT et Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br/)
Pour ceux d'entre nous qui ne sont pas des biologistes computationnels: http: //en.wikipedia.org/wiki/BLAST –