J'ai ouvert un fichier avec les résultats de l'explosion et j'ai imprimé les résultats au format fasta à l'écran.Enregistrement de la sortie d'une boucle for dans le fichier
Le code ressemble à ceci:
result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml")
from Bio.Blast import NCBIXML
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
for alignment in blast_record.alignments:
for hsp in alignment.hsps:
print '>', alignment.title
print hsp.sbjct
Ceci produit une liste de fichiers FASTA à l'écran. Mais comment puis-je créer un fichier et enregistrer la sortie de fasta dans ce fichier?
Mise à jour: Je suppose que je devrais remplacer les instructions d'impression dans la boucle par quelque chose.write(), mais comment le '>', alignment.title que nous avons écrit?
toutes les opérations après l'ouverture du fichier doit être enveloppé avec try ... enfin pour s'assurer que le fichier sera correctement fermé – barbuza
Dans un processus de longue durée, oui, dans un script simple, peu importe que les fichiers seront fermés lorsque le script se termine. – truppo