Récupérer le champ blob de la base de données mySQL avec MATLAB

Question

J'accède à la base de données MySQL publique en utilisant JDBC et mySQL java connector. exonCount est int (10), exonStarts et exonEnds sont longblob champs.

javaaddpath('mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar') 
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu'; 
user = 'genome'; 
password = ''; 
dbName = 'hg18'; 
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName); 
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver'; 
dbConn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString); 
gene.Symb = 'CDKN2B'; 
% Check to make sure that we successfully connected 
if isconnection(dbConn) 
    qry = sprintf('SELECT exonCount, exonStarts, exonEnds FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene.Symb); 
    result = get(fetch(exec(dbConn, qry)), 'Data'); 
    fprintf('Connection failed: %s\n', dbConn.Message); 
end 

Voici le résultat:

result = 
    [2] [18x1 int8] [18x1 int8] 
    [2] [18x1 int8] [18x1 int8] 

result{1,2}' 
ans = 
    50 49 57 57 50 57 48 49 44 50 49 57 57 56 54 55 51 44 

Ceci est faux. La longueur des vecteurs dans les 2ème et 3ème colonnes doit correspondre aux nombres de la 1ère colonne.

La première goutte, par exemple, doit être [21992901; 21998673]. Comment je peux le convertir?

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Mise à jour:

Juste après avoir soumis cette question, je pensais que ce serait peut-être la représentation hexagonale d'une chaîne. Et il a été confirmé:

>> char(result{1,2}') 
ans = 
21992901,21998673, 

Alors maintenant, je besoin de convertir toutes les données hexagonaux blobs dans des vecteurs numériques. Je pense toujours à le faire de manière vectorisée, car le nombre de lignes peut être important.

Answer 1

Cela vous permet de convertir vos données de caractère à des vecteurs numériques pour tous, sauf la première colonne de données dans result, en plaçant les résultats dans les cellules appropriées:

result(:,2:end) = cellfun(@(x) str2num(char(x'))',... %# Apply fcn to each cell 
          result(:,2:end),...   %# Input cells 
          'UniformOutput',false);  %# Output as a cell array 

Answer 2

Voici ce que je fais:

function res = blob2num(x) 
res = str2double(regexp(char(x'),'[^,]+','match')'); 

puis

exons = cellfun(@blob2num,result(:,2:3)','UniformOutput',0) 
exons = 
    [2x1 double] [2x1 double] 
    [2x1 double] [2x1 double] 

Toute meilleure solution? Peut-être sur l'étape de récupération des données?

Answer 3

Je suggère d'utiliser textscan

exons = cellfun(@(x) textscan(char(x'),'%d','Delimiter',','),... 
result(:,2:end),'UniformOutput',false); 

Pour obtenir un tableau de cellules pour chacun des deux nombres, vous pouvez remplacer la chaîne de format par %d,%d et supprimer l'option Delimiter.