Meilleure façon d'extraire des valeurs quadratiques moyennes à partir d'un objet aov dans

Question

J'essaie d'écrire une fonction pour automatiser une analyse de variance, dont une partie implique d'effectuer d'autres calculs. La méthode que j'ai utilisée n'est pas très robuste, si les noms de variables changent, alors cela cesse de fonctionner.

Pour ces données fictives

> dput(assayvar,"") 
structure(list(Run = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 
3L, 3L, 4L, 4L, 4L), .rk.invalid.fields = list(), .Label = c("1", 
"2", "3", "4"), class = "factor"), Actual = c(246.3, 253.6, 247.6, 
249, 249, 251.3, 254.9, 254.1, 253.2, 250, 248.9, 250.3)), .Names = c("Run", 
"Actual"), row.names = c(NA, 12L), class = "data.frame") 

> assayaov<-aov(Actual~Run+Error(Run),data=assayvar) 
> str(summary(assayaov)) 
List of 2 
$ Error: Run :List of 1 
    ..$ :Classes ‘anova’ and 'data.frame': 1 obs. of 3 variables: 
    .. ..$ Df  : num 3 
    .. ..$ Sum Sq : num 46.5 
    .. ..$ Mean Sq: num 15.5 
    ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "summary.aov" "listof" 
$ Error: Within:List of 1 
    ..$ :Classes ‘anova’ and 'data.frame': 1 obs. of 5 variables: 
    .. ..$ Df  : num 8 
    .. ..$ Sum Sq : num 36.4 
    .. ..$ Mean Sq: num 4.55 
    .. ..$ F value: num NA 
    .. ..$ Pr(>F) : num NA 
    ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "summary.aov" "listof" 
- attr(*, "class")= chr "summary.aovlist" 

Mais pour ces données fictives

> dput(BGBottles,"") 
structure(list(Machine = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 
3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L), .rk.invalid.fields = structure(list(), .Names = character(0)), .Label = c("1", 
"2", "3", "4"), class = "factor"), Weight = c(14.23, 14.96, 14.85, 
16.46, 16.74, 15.94, 14.98, 14.88, 14.87, 15.94, 16.07, 14.91 
)), .Names = c("Machine", "Weight"), row.names = c(NA, 12L), class = "data.frame") 

> bgaov<-aov(Weight~Machine+Error(Machine),data=BGBottles) 
> str(summary(bgaov)) 
List of 2 
$ Error: Machine:List of 1 
    ..$ :Classes ‘anova’ and 'data.frame': 1 obs. of 3 variables: 
    .. ..$ Df  : num 3 
    .. ..$ Sum Sq : num 5.33 
    .. ..$ Mean Sq: num 1.78 
    ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "summary.aov" "listof" 
$ Error: Within :List of 1 
    ..$ :Classes ‘anova’ and 'data.frame': 1 obs. of 5 variables: 
    .. ..$ Df  : num 8 
    .. ..$ Sum Sq : num 1.45 
    .. ..$ Mean Sq: num 0.182 
    .. ..$ F value: num NA 
    .. ..$ Pr(>F) : num NA 
    ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "summary.aov" "listof" 
- attr(*, "class")= chr "summary.aovlist" 

Ainsi, le code pour obtenir la valeur quadratique moyenne

machine<-summary(bgaov)$"Error: Machine"[[1]]$"Mean Sq" 

ne fonctionne pas, parce que la Machine mais ne sera pas toujours Machine.

Une meilleure façon de le faire?

Answer 1

> summary(assayaov)[1][[1]][[1]][[3]] 
[1] 15.49 
> summary(bgaov)[1][[1]][[1]][[3]] 
[1] 1.776475