emplacements de bibliothèque partagés pour les fichiers matlab mex:

Question

J'essaye d'écrire une fonction matlab mex qui utilise libhdf5; Mon installation Linux fournit des bibliothèques et des en-têtes partagés libhdf5-1.8. Cependant, ma version de Matlab, r2007b, fournit un libhdf5.so de la version 1.6. (Matlab .mat fichiers bootstrap hdf5, évidemment). Quand je compile le mex, ça segmente dans Matlab. Si je rétrograde ma version de libhdf5 à 1,6 (pas une option à long terme), le code compile et fonctionne bien.

question: comment résoudre ce problème? Comment puis-je dire au processus de compilation mex de lier avec /usr/lib64/libhdf5.so.6 au lieu de /opt/matlab/bin/glnxa64/libhdf5.so.0? Lorsque je tente de le faire en utilisant -Wl,-rpath-link,/usr/lib64 dans ma compilation, je reçois des erreurs telles que:

/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libhdf5.so.0, needed by /opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmat.so, may conflict with libhdf5.so.6 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start': 
(.text+0x20): undefined reference to `main' 
collect2: ld returned 1 exit status 

    mex: link of 'hdf5_read_strings.mexa64' failed. 

make: *** [hdf5_read_strings.mexa64] Error 1 

ack. le dernier recours consisterait à télécharger une copie locale des en-têtes hdf5-1.6.5 et à en faire usage, mais ce n'est pas une preuve du futur (une mise à jour de la version Matlab est dans mon futur). des idées?

EDIT: par d'excellentes suggestions de Ramashalanka, je

A) appelé mex -v pour obtenir les 3 gcc commandes; le dernier est la commande de l'éditeur de liens; B) a appelé cette commande de liaison avec un -v pour obtenir la commande collect; C) appelé collect2 -v -t et le reste des drapeaux.

Les parties pertinentes de ma sortie:

/usr/bin/ld: mode elf_x86_64 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crti.o 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtbeginS.o 
hdf5_read_strings.o 
mexversion.o 
-lmx (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmx.so) 
-lmex (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmex.so) 
-lhdf5 (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libhdf5.so) 
/lib64/libz.so 
-lm (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libm.so) 
-lstdc++ (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libstdc++.so) 
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so) 
/lib64/libpthread.so.0 
/lib64/libc.so.6 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so) 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtendS.o 
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crtn.o 

Donc, en fait, est en cours référencent libhdf5.so de /usr/lib64. Cependant, je crois que ceci est remplacé par la variable d'environnement LD_LIBRARY_PATH, que ma version de Matlab définit automagiquement au moment de l'exécution afin qu'elle puisse localiser ses propres versions, par ex. libmex.so, etc.

Je pense que l'exemple crt_file.c fonctionne soit b/c ne pas utiliser les fonctions que je utilise (H5DOpen, qui a eu un changement de signature dans le passage de 1,6 à 1,8 (oui, je me sers -DH5_USE_16_API)), ou, moins probable, b/c il ne frappe pas les parties des internes de Matlab qui ont besoin de hdf5. ack.

Answer 1

Les personnes suivantes ont travaillé sur mon système:

1. Installer la version HDF5 1.8.4 (vous avez déjà fait ceci: Je l'ai installé la source et en garantir le est compatible avec mon système, que je reçois versions gcc et que je reçois les bibliothèques statiques - par exemple les binaires offerts pour mon système sont icc spécifiques).

2. Créer un fichier cible. Vous avez déjà votre propre fichier. J'ai utilisé le h5_crtfile.c simple de here (une bonne idée de commencer par ce simple fichier d'abord un coup d'oeil pour les avertissements). J'ai changé main à mexFunction avec les arguments habituels et inclus mex.h.

3. Spécifiez la bibliothèque statique 1.8.4 que vous voulez charger explicitement (le chemin complet sans -L pour nécessaire) et de ne pas inclure dans le -lhdf5LDFLAGS.Incluez une option -t pour vous assurer qu'il n'y a pas de bibliothèque dynamique hdf5 en cours de chargement. Vous avez également besoin de -lz, avec zlib installé. Pour darwin nous avons aussi besoin d'un -bundle dans LDFLAGS:

   mex CFLAGS='-I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -bundle' h5_crtfile.c -v 
   

   Pour linux, vous avez besoin d'une position indépendante équivalente appel, par exemple fPIC et peut-être -shared, mais je ne dispose pas d'un système Linux avec une licence de Matlab, donc je ne peux pas vérifier:

   mex CFLAGS='-fPIC -I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -shared' h5_crtfile.c -v 
   

4. Exécutez le fichier h5_crtfile MEX. Cela fonctionne sans problèmes sur ma machine. Il fait juste un H5Fcreate et H5Fclose pour créer "file.h5" dans le répertoire courant, et quand j'appelle file file.h5 je reçois file.h5: Hierarchical Data Format (version 5) data.

Notez que si j'inclus un -lhdf5 ci-dessus à l'étape 3, puis Matlab avorte lorsque je tente de lancer l'exécutable (car il utilise alors les bibliothèques dynamiques Matlab qui pour moi sont la version 1.6.5), c'est donc résolvant définitivement le problème sur mon système.

Merci pour la question. Ma solution ci-dessus est définitivement beaucoup plus facile pour moi que ce que je faisais auparavant. Espérons que ce qui précède fonctionne pour vous.

Answer 2

J'accepte la réponse de Ramashalanka parce qu'il m'a conduit à la solution exacte que je vais poster ici pour être complet que:

1. télécharger la bibliothèque hdf5-1.6.5 du site hdf5 et installer les fichiers d'en-tête dans un répertoire local;
2. dire de chercher MEX « hdf5.h » dans ce répertoire local, plutôt que dans l'emplacement standard (par exemple /usr/include.)
3. dire de compiler mon MEX le code et la bibliothèque d'objets partagés fourni par Matlab, et faire pas utiliser le drapeau -ldfh5 dans LDFLAGS.

la commande j'est, essentiellement:

/opt/matlab/matlab_default/bin/mex -v CC#gcc CXX#g++ CFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include" CXXFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include " -O -lmwblas -largeArrayDims -L/usr/lib64 hdf5_read_strings.c /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 

ce se traduit par MEX dans les commandes:

gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG hdf5_read_strings.c 
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG /opt/matlab/matlab75/extern/src/mexversion.c 
gcc -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/opt/matlab/matlab75/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -o hdf5_read_strings.mexa64 hdf5_read_strings.o mexversion.o -lmwblas -L/usr/lib64 /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 -Wl,-rpath-link,/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -L/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 

cette solution devrait fonctionner sur tous mes différentes machines cibles et au moins jusqu'à ce que je mette à jour vers matlab r2009a, qui je crois utilise hdf5-1.8. merci pour toute l'aide, désolé d'être si dense avec cela - je pense que j'étais trop engagé à l'aide de la version packagée de hdf5, plutôt que d'un ensemble local de fichiers d'en-tête.

RemarqueCet tout aurait été si trivial Mathworks avait fourni un ensemble de fichiers d'en-tête avec la distribution Matlab ...