Les bibliothèques ffmpeg sont un grand couteau suisse pour tout ce qui touche l'audio /vidéo. En fait, vous pouvez utiliser l'interface de ligne de commande ffmpeg pour convertir facilement entre MP3 et AAC:
ffmpeg -i <path to MP3 file> <path to AAC file>
Cela exige que ffmpeg être compilé avec FAAC et de soutien BOITEUX. Je ne pense pas que les bibliothèques ffmpeg d'Ubuntu les incluent par défaut pour des raisons légales, mais il existe des moyens d'installer des versions compatibles MP3 et AAC: http://gebaar.blogspot.com/2009/06/howto-easily-enable-mp3-mpeg4-aac-and.html
Si vous voulez utiliser les bibliothèques sous-jacentes de ffmpeg (libavcodec, libavformat, etc) pour coder vous-même: http://cekirdek.pardus.org.tr/~ismail/ffmpeg-docs/api-example_8c-source.html