Pouvez-vous incorporer un script TCL dans un script Bash ou un script Python qui peut être appelé par des programmes externes?

Question

J'écris un script pour extraire quelques données utiles sur une série de simulations chimiques que j'ai exécutées.

Pour obtenir ces données j'ai besoin (1) d'un programme C qui calcule la densité à partir d'un type de fichier appelé *.pdb. J'ai déjà (1). Et (2) j'ai besoin d'utiliser un programme appelé vmd pour obtenir ce pdb. Pour accomplir (2) à partir de la ligne de commande, je peux soumettre un script tcl, car vmd a une construction dans l'interpréteur tcl.

Ces fonctions - appelez le vmd pour exécuter le script tcl, puis exécutez le programme c compilé - seront les activités clés de mon script d'extraction de données wrapper.

Je voudrais éliminer le script TCL superflue, en réduisant mon compte de 2 scripts (script wrapper + script tcl pour vmd) à 1. Mais je ne suis pas sûr de savoir comment faire. Une solution potentielle semble être d'intégrer mon script TCL dans mon script wrapper, s'il y a un moyen de rendre un tel script incorporé pouvant être appelé par des programmes externes. La plupart de mes scripts de collecte de données jusqu'à présent ont été dans BASH, donc idéalement, je voudrais m'en tenir à un script BASH car je suis très familier avec les scripts bash par rapport à la connaissance initiale de Python/Perl.

Voici mes questions:
1. Pouvez-vous intégrer un script TCL dans un script Bash?
Pouvez-vous rendre ce script appelable par un programme externe?
par exemple. en pseudocode:

#!/bin/bash 
.... 
tclembed extract { 
    #tcl script 
    ... 
} 
... 
vmd -dispdev text -e extract.tcl >& extract_results.log #where vmd is 
                 #an external program 

3. Si la réponse à # 2 est pas, vous pouvez le faire en Python, peut-être avec la bibliothèque Minotaure? Je considère le passage à python, le cas échéant ...
http://markmail.org/message/6kogjphzqtn4ilch
4. Sinon, comment suggérez-vous d'essayer de fusionner ces deux scripts (une routine de tcl et un script bash qu'il appelle) en un seul fichier?
5. Si quelqu'un a reçu des appels externes de cette nature pour travailler avec Minotaur, pouvez-vous poster un code explicatif?

J'ai pensé à une solution non-intégrée à # 4, qui serait d'écrire une fonction dans mon script Bash qui écrit un fichier avec le script tcl entier. De cette façon, je n'aurais qu'un seul script, mais je pourrais sauvegarder l'indice pour l'utiliser avec des programmes externes, puis le supprimer. J'ai le sentiment que cette solution est un peu kludgy bien que je sache avec certitude que cela fonctionne, par rapport aux solutions intégrées.

Answer 1

Il y a eu plusieurs alliages Tcl-Python. Comme le commentaire de Rafe Kettler ci-dessus esquisse, l'endroit pour commencer est avec une installation standard de Python. Cela inclut Tkinter, qui construit dans un interpréteur Tcl complet, accessible comme décrit dans la page Wiki mentionnée. Donc, oui, il est possible de "faire ça en Python".

Je vraiment ne pas obtenir ce que cela a à voir avec VMD, cependant. vmd construit déjà dans un interpréteur Tcl. Bien que je soutiens entièrement l'objectif de "réduction des parties mobiles", de sorte que vous avez, par exemple, un script, plutôt que deux, codant quelque chose en Python, lorsque vmd expose déjà Tcl, ne semble pas une étape dans la direction Jason R. Mick veut y aller.

PLUS TARD ASSEZ: après un échange de commentaires avec Jason R. Mick, il me vint qu'il pourrait trouver

#!/bin/bash 


echo "Here's a bit of bash-iness." 

MYSCRIPT=' 
puts "Here I am, inside Tcl." 
puts "See? I can do calculations: [expr 3 + 5]." 
exit 0 
' 

tclsh << HERE 
$MYSCRIPT 
HERE 

suggestif. Sa sortie, bien sûr, est

Here's a bit of bash-iness. 
Here I am, inside Tcl. 
See? I can do calculations: 8. 

j'ai écrit ceci en termes de tclsh, mais, si je suis à suivre, Jason R. Mick voudra réellement utiliser VMD. Le * approprié pour homologue VMD est quelque chose comme

... 
vmd -dispdev text -eofexit <<HERE> output.log 
$MYSCRIPT 
HERE 

Alors que je peux penser à plusieurs autres façons de fusionner bash et Tcl, je crois que celui-ci est plus dans l'esprit de la question initiale.

Je veux noter, aussi, que, du peu que je connais VMD, il serait tout à fait approprié de faire la même chose avec Python en place de Tcl: VMD est tout aussi habile soit.

Enfin, à la fois Python et Tcl sont des langues à usage général, avec à peu près la même puissance que bash, donc encore une autre direction à prendre ce projet serait d'écrire entièrement en Tcl (ou Python), plutôt que bash . L'incorporation de scripts de la manière illustrée ci-dessus est au moins aussi facile dans Tcl (ou Python) que dans bash.

Answer 2

1. Pouvez-vous incorporer un script TCL dans un script Bash?

Pas facilement. Le meilleur moyen est d'écrire le script dans un fichier temporaire et de passer le nom de ce fichier à tclsh (ou wish s'il s'agit d'un programme Tcl/Tk). Cela devrait être une "simple question de programmation", c'est-à-dire un codage maladroit mais pas fondamentalement difficile.

2. Pouvez-vous rendre ce script appelable par un programme externe?

Je ne comprends pas très bien ce que vous voulez faire ici. Vous pouvez mettre une ligne #! au début d'un script Tcl et marquer le fichier exécutable. Cela fonctionne bien. La meilleure façon de tout faire est this:

#!/usr/bin/env tclsh8.5 
your tcl script here... 

3. Si la réponse à # 2 est pas, vous pouvez le faire en Python?

mentionne quelque chose appelé Typcl, qui permet d'exécuter Tcl depuis Python. Je n'ai jamais essayé.

(je pense que les questions 4 et 5 sont en grande partie hors de propos en fonction de mes réponses ci-dessus.)