Créer une matrice de diagrammes de dispersion (pairs() équivalents) dans ggplot2

Question

Est-il possible de tracer une matrice de nuages ​​de points avec ggplot2, en utilisant les fonctionnalités intéressantes de ggplot comme mapper des facteurs supplémentaires de couleur, de forme, etc.

Je pense à quelque chose de similaire à la base fonction pairs.

Answer 1

Vous pouvez essayer plotmatrix:

library(ggplot2) 
    data(mtcars) 
    plotmatrix(mtcars[,1:3]) 

me mpg (première colonne mtcars) ne devrait pas être un facteur. Je ne l'ai pas vérifié, mais il n'y a aucune raison pour que ce soit le cas. Cependant, je reçois un nuage de points :)

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Note: Pour référence ultérieure, la fonction plotmatrix() a été remplacée par la fonction ggpairs() du package GGally que @ naught101 suggère in another response below à cette question.

Answer 2

Je continue à vouloir faire cela, mais plotmatrix est de la merde. Hadley recommends en utilisant le GGally package à la place. Il a une fonction, ggpairs qui est un tracé de paires grandement amélioré (vous permet d'utiliser des variables non continues dans vos trames de données). Il trace les différentes parcelles dans chaque carré, en fonction des types de variables:

library(GGally) 
ggpairs(iris, aes(colour = Species, alpha = 0.4)) 

Answer 3

Si l'on veut obtenir un objet ggplot (non ggmatrix comme dans le cas de ggpairs()), la solution consiste à faire fondre la données deux fois, puis ggplot avec facettage. facet_wrap serait mieux que facet_grid en limitant la zone tracée, étant donné que le paramètre scales = 'free' est fourni.

require(ggplot2) 
require(dplyr) 
require(tidyr) 

gatherpairs <- function(data, ..., 
         xkey = '.xkey', xvalue = '.xvalue', 
         ykey = '.ykey', yvalue = '.yvalue', 
         na.rm = FALSE, convert = FALSE, factor_key = FALSE) { 
    vars <- quos(...) 
    xkey <- enquo(xkey) 
    xvalue <- enquo(xvalue) 
    ykey <- enquo(ykey) 
    yvalue <- enquo(yvalue) 

    data %>% { 
    cbind(gather(., key = !!xkey, value = !!xvalue, !!!vars, 
       na.rm = na.rm, convert = convert, factor_key = factor_key), 
      select(., !!!vars)) 
    } %>% gather(., key = !!ykey, value = !!yvalue, !!!vars, 
       na.rm = na.rm, convert = convert, factor_key = factor_key) 
} 

iris %>% 
    gatherpairs(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Width) %>% { 
    ggplot(., aes(x = .xvalue, y = .yvalue, color = Species)) + 
     geom_point() + 
     geom_smooth(method = 'lm') + 
     facet_wrap(.xkey ~ .ykey, ncol = length(unique(.$.ykey)), scales = 'free', labeller = label_both) + 
     scale_color_brewer(type = 'qual') 
}