Appliquer sur deux trames de données

Question

J'utilise R, et j'ai deux data.frames, A et B. Ils ont tous les deux 6 rangées, mais A a 25000 colonnes (gènes), et B a 30 colonnes. Je voudrais appliquer une fonction avec deux arguments f(x,y) où est chaque colonne de A et y est chaque colonne de B. Jusqu'à présent, il ressemble à ceci:

i = 1 
for (x in A){ 
    j = 1 
    for (y in B){ 
     out[i,j] <- f(x,y) 
     j = j + 1 
    } 
    i = i + 1 
} 

Je soulève deux problèmes: de ma programmation Python j'associe le suivi des compteurs comme celui-ci comme crufty, et de ma programmation R Je suis nerveux pour les boucles. Cependant, je ne peux pas vraiment voir comment appliquer apply (ou même si je devrais appliquer apply) à ce problème et j'espérais que quelqu'un pourrait m'éclairer. J'ai besoin de traiter f() comme atomique (c'est en fait cor.test()) pour l'instant.

Answer 1

Puisque vous utilisez des trames de données, il pourrait être plus rapide d'utiliser lapply ou sapply pour le faire (spécialement compte tenu de la portée de vos trames de données). Par exemple,

x <- data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8), col3=c(9,10,11,12)) 
y <- data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8)) 
bl <- lapply(x, function(u){ 
    lapply(y, function(v){ 
     f(u,v) # Function with column from x and column from y as inputs 
    }) 
}) 
out = matrix(unlist(bl), ncol=ncol(y), byrow=T) 

Answer 2

L'imbrication des travaux s'applique, mais pas la syntaxe la plus simple.

x<-data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8), col3=c(9,10,11,12)) 
y<-data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8)) 

z<-apply(x,2,function(col,df2) 
      { 
       apply(df2,2,function(col2,col1) 
          { 
           col2+col1 
          },col) 
      },y) 

---

z 
col1 col2 col3 
[1,] 2 6 10 
[2,] 4 8 12 
[3,] 6 10 14 
[4,] 8 12 16 
[5,] 6 10 14 
[6,] 8 12 16 
[7,] 10 14 18 
[8,] 12 16 20 

Answer 3

Certaines données

nrows <- 6 
A <- data.frame(a = runif(nrows), b = runif(nrows), c = runif(nrows)) 
B <- data.frame(z = rnorm(nrows), y = rnorm(nrows)) 

L'astuce: souvenez-vous des colonnes avec expand.grid

counter <- expand.grid(seq_along(A), seq_along(B)) 
f <- function(x) 
{ 
    cor.test(A[, x["Var1"]], B[, x["Var2"]])$estimate 
} 

Maintenant, nous avons seulement besoin 1 appel à apply.

stats <- apply(counter, 1, f) 
names(stats) <- paste(names(A)[counter$Var1], names(B)[counter$Var2], sep = ",") 
stats