Trouver quels contigs vont dans un échafaudage donné dans un assemblage 454-Newbler

Question

Je suppose qu'il devrait y avoir un script assez simple pour appeler quels contigs vont dans quels échafaudages. C'est 454 données assemblées avec Newbler.

Merci!

Answer 1

Merci pour les corrections;)

Un simple grep sur le fichier 454Scaffolds.txt me donne la sortie folloving.

-bash-3,2 $ grep scaffold10511 454Scaffolds.txt scaffold10511 1 1251 1 1 1251 W contig368342 + scaffold10511 1252 2340 2 1089 N fragment oui scaffold10511 2341 3244 3 W contig368343 1 904 + scaffold10511 3245 5704 4 2460 N fragment oui scaffold10511 5705 6500 5 W contig368344 1 796 + scaffold10511 6501 7472 6 N 972 fragment oui scaffold10511 7473 10932 7 W contig368345 1 3460 + scaffold10511 10933 11579 8 N 647 fragment oui scaffold10511 11580 15817 9 W contig368346 1 4238 + échafaudage10511 15818 19635 10 fragment N 3818 oui scaffold10511 19636 21767 11 W contig368347 1 2132 + scaffold10511 21768 22244 12 N 477 fragment oui scaffold10511 22245 25733 13 W contig368348 1 3489 + scaffold10511 25734 28642 14 N fragment 2909 oui scaffold10511 28643 32182 15 W contig368349 1 3540 +

Comme je l'ai le comprend alors cet échafaudage est basé sur contig368342 -> 368349, ce qui devrait répondre à cette question;)

Answer 2

peut-être que vous pouvez également utiliser grep -f :)