2009-10-12 9 views
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J'utilise ggplot2 pour faire des données génomiques de traçage, de sorte que le format de base est qu'il ya un chromosome et une position le long de lui. Je convertir les positions à une échelle continue, puis mettre les pauses aux limites des chromosomes avec:Placement d'étiquettes à axe pauses mineures avec ggplot2

scale_x_continuous("Genome Position", breaks = c(0, cumsum(chromosome_length)))

qui ressemble beaucoup, dans la mesure où le tracé actuel est concerné, mais les étiquettes sont alors mettre au début et à la fin des chromosomes. Je voudrais qu'ils soient centrés le long de chaque chromosome, à la position où la cassure mineure est dessinée par défaut.

Est-ce possible?

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Comment cela?

breaks <- c(0, cumsum(chromosome_length)) 
scale_x_continuous("Genome Position", breaks = breaks + 0.5, labels = breaks) 
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Pas tellement. Mis à part le fait que les ruptures + 0.5 ne les mettent pas au bon endroit, cela ne fait que déplacer les ruptures majeures, plutôt que d'étiqueter les ruptures mineures, ce que je préférerais faire. – JAShapiro

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Eh bien, vous ne pouvez pas étiqueter les pauses mineures, mais vous pouvez facilement simuler l'effet en déplaçant les grandes pauses, en ajustant le thème et l'utilisation geom_vline. Essayez la liste de diffusion ggplot2. – hadley

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Marquage impossible des graduations mineures: est-ce justifié ou un bug conceptuel? A première vue, il semble évident que vous voulez faire, par exemple, maire = ans = mineurs mois –