Comment définir alpha dans R?

Question

Je this example du paquet de pièces de R:

library(coin) 
    library(multcomp) 
    ### Length of YOY Gizzard Shad from Kokosing Lake, Ohio, 
    ### sampled in Summer 1984, Hollander & Wolfe (1999), Table 6.3, page 200 
    YOY <- data.frame(length = c(46, 28, 46, 37, 32, 41, 42, 45, 38, 44, 
           42, 60, 32, 42, 45, 58, 27, 51, 42, 52, 
           38, 33, 26, 25, 28, 28, 26, 27, 27, 27, 
           31, 30, 27, 29, 30, 25, 25, 24, 27, 30), 
        site = factor(c(rep("I", 10), rep("II", 10), 
            rep("III", 10), rep("IV", 10)))) 

    ### Nemenyi-Damico-Wolfe-Dunn test (joint ranking) 
    ### Hollander & Wolfe (1999), page 244 
    ### (where Steel-Dwass results are given) 
    NDWD <- oneway_test(length ~ site, data = YOY, 
     ytrafo = function(data) trafo(data, numeric_trafo = rank), 
     xtrafo = function(data) trafo(data, factor_trafo = function(x) 
      model.matrix(~x - 1) %*% t(contrMat(table(x), "Tukey"))), 
     teststat = "max", distribution = approximate(B = 90000)) 

    ### global p-value 
    print(pvalue(NDWD)) 

    ### sites (I = II) != (III = IV) at alpha = 0.01 (page 244) 
    print(pvalue(NDWD, method = "single-step")) 

Je veux assigner comment puis-je faire alpha une valeur différente, cela ??

Cela ne fonctionne pas!

library(coin) 
    library(multcomp) 
    ### Length of YOY Gizzard Shad from Kokosing Lake, Ohio, 
    ### sampled in Summer 1984, Hollander & Wolfe (1999), Table 6.3, page 200 
    YOY <- data.frame(length = c(46, 28, 46, 37, 32, 41, 42, 45, 38, 44, 
           42, 60, 32, 42, 45, 58, 27, 51, 42, 52, 
           38, 33, 26, 25, 28, 28, 26, 27, 27, 27, 
           31, 30, 27, 29, 30, 25, 25, 24, 27, 30), 
        site = factor(c(rep("I", 10), rep("II", 10), 
            rep("III", 10), rep("IV", 10)))) 

    ### Nemenyi-Damico-Wolfe-Dunn test (joint ranking) 
    ### Hollander & Wolfe (1999), page 244 
    ### (where Steel-Dwass results are given) 
    NDWD <- oneway_test(length ~ site, data = YOY, 
     ytrafo = function(data) trafo(data, numeric_trafo = rank), 
     xtrafo = function(data) trafo(data, factor_trafo = function(x) 
      model.matrix(~x - 1) %*% t(contrMat(table(x), "Tukey"))), 
     teststat = "max", distribution = approximate(B = 90000), 
     alpha = 0.05) 

    ### global p-value 
    print(pvalue(NDWD)) 

    ### sites (I = II) != (III = IV) at alpha = 0.05 (default was 0.01) (page 244) 
    print(pvalue(NDWD, method = "single-step")) 

Answer 1

Les niveaux alpha sont codés en dur et fixés à 0,99 Si vous voulez changer cela, alors vous devez télécharger la source du paquet, changer les niveaux et compiler le paquet. Les niveaux sont codés dans le fichier Methods.R. Recherchez binom.test ou conf.level

Vous pouvez demander à l'auteur du package de modifier le package afin de pouvoir définir le niveau vous-même. Mais gardez à l'esprit que l'auteur du paquet n'est pas obligé de le faire!

Answer 2

Il semblerait que vous ne pouvez pas: oneway_test() n'a pas d'argument conf.level alors wilcox_test et normal_test faire. Tout cela est documenté, voir help(oneway_test).